Sandakan Harbour Square ialah usaha sama diantara Majlis Perbandaran Sandakan dan Ireka. Pemaju projek ini ialah ICSD Ventures Sdn Bhd anak syarikat Ireka Corporation Bhd bersekutu dengan Aseana Properties Ltd yang disenaraikan di London.

Projek ini bermula pada tahun 2003, kurang daripada dua tahun selepas ia pertama kali dicadangkan. Projek ini dipercayai menelan belanja RM240 juta dan ia akan dibina di atas tanah tambak seluas 13 ekar.

Projek ini terdiri dari pada 4 fasa yang siap pada waktu yang berbeza. Pasar Umum Sandakan siap pada tahun 2006 selepas majlis pecah tanah pada tahun 2004 oleh Ketua Menteri Sabah pada masa itu Tan Sri Musa Aman.

Selepas beberapa bulan pasar umum yang baharu tersebut siap, pasar umum yang lama kemudiannya dirobohkan bagi menaiktaraf kawasan kepada bangunan pejabat dan lot-lot kedai yang baharu.

Fasa 2 melibatkan bangunan pejabat kedai 3 dan 4 tingkat siap sepenuhnya pada tahun 2009. Selain itu, Sandakan Harbour Square juga menerima anugerah di Asia Pacific Property Award dalam kategori pembangunan semula komersial.

Pembinaan pelan utama Sandakan Harbour Square iaitu Harbour Mall bermula pada tahun 2008. Ia kemudiannya siap dan dibuka kepada umum pada tahun 2012. Pusat membeli belah itu dianggap sebagai pusat membeli belah moden yang pertama di Sandakan.